Hiện tại, Chi cục Văn thư - Lưu trữ tỉnh là đơn vị trực thuộc Sở Nội vụ tỉnh Đồng Nai. Tiền thân của Chi cục Văn thư và Lưu trữ tỉnh Đồng Nai là Tổ Lưu trữ có 03 biên chế thuộc Phòng Hành chính - Tổ chức, Văn phòng Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai, có nhiệm vụ thu thập, chỉnh lý, bảo quản và tổ chức sử dụng tài liệu lưu trữ phông Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai.

         Thực hiện Thông tư số 40/1998/TT-TCCP ngày 24/01/1998 của Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ về hướng dẫn tổ chức lưu trữ ở cơ quan nhà nước các cấp, ngày 19/5/1998, UBND tỉnh Đồng Nai ban hành Quyết định số 1674/1998/QĐ-UBT thành lập Trung tâm Lưu trữ nhà nước thuộc Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân tỉnh với chức năng giúp Chánh Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân tỉnh tham mưu UBND tỉnh quản lý nhà nước về công tác văn thư - lưu trữ địa phương và thực hiện nhiệm vụ lưu trữ lịch sử. Biên chế của Trung tâm được bố trí 05 người, Giám đốc Trung tâm do đồng chí Phó Chánh Văn phòng HĐND và UBND tỉnh Đồng Nai kiêm nhiệm.

       Ngày 10/4/2006, Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai ban hành Quyết định số 3413/QĐ-UBND về việc đổi tên Trung tâm Lưu trữ Nhà nước tỉnh Đồng Nai thành Trung tâm Lưu trữ tỉnh Đồng Nai và giao nhiệm vụ cho Trung tâm là quản lý và tổ chức thực hiện công tác văn thư, lưu trữ của tỉnh. Tại Quyết định này, Trung tâm Lưu trữ có thêm nhiệm vụ mới, là đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động thường xuyên, có tư cách pháp nhân, có con dấu và được phép mở tài khoản tại Kho bạc nhà nước để hoạt động theo quy định của pháp luật, biên chế được bố trí là 10 người để đảm bảo yêu cầu nhiệm vụ.  

          Đến năm 2008, thực hiện Nghị định số 13/2008/NĐ-CP ngày 04/02/2008 của Chính phủ về việc quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, ngày 23/4/2008, UBND tỉnh Đồng Nai đã ban hành Quyết định số 1300/QĐ-UBND, chuyển Trung tâm Lưu trữ tỉnh Đồng Nai từ Văn phòng UBND tỉnh sang Sở Nội vụ tỉnh Đồng Nai. Trung tâm Lưu trữ được chuyển giao nguyên trạng và chỉ thực hiện nhiệm vụ Lưu trữ lịch sử, đồng thời Sở Nội vụ thành lập Phòng Quản lý Văn thư - Lưu trữ thuộc Sở để giúp Sở Nội vụ tham mưu UBND tỉnh quản lý nhà nước về lĩnh vực văn thư - lưu trữ và duy trì bộ máy hoạt động đến tháng 4 năm 2011.

         Đến ngày 07/4/2011, Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai ban hành Quyết định số 948/QĐ-UBND thành lập Chi cục Văn thư - Lưu trữ là đơn vị trực thuộc Sở Nội vụ trên cơ sở hợp nhất Phòng Quản lý Văn thư - Lưu trữ và Trung tâm Lưu trữ tỉnh thuộc Sở Nội vụ. Chi cục Văn thư - Lưu trữ thực hiện chức năng theo Quyết định số 41/2011/QĐ-UBND ngày 22/6/2011 của UBND tỉnh Đồng Nai, có chức năng giúp Sở Nội vụ tham mưu UBND tỉnh quản lý nhà nước về lĩnh vực văn thư, lưu trữ của tỉnh và trực tiếp quản lý tài liệu lưu trữ lịch sử của tỉnh theo quy định của pháp luật. Chi cục Văn thư - Lưu trữ vừa là đơn vị hành chính vừa thực hiện chức năng của đơn vị sự nghiệp; biên chế được tỉnh phê duyệt là 21 người, thực tế sử dụng tại thời điểm đó là 17/21 người. Tổ chức bộ máy Chi cục Văn thư - Lưu trữ bao gồm: Ban lãnh đạo, gồm có Chi cục trưởng do Phó Giám đốc Sở Nội vụ kiêm nhiệm; 02 Phó Chi cục trưởng và 03 phòng chuyên môn, gồm có Phòng Hành chính - Tổng hợp: 04 công chức và 02 hợp đồng theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP của Chính phủ (01 lái xe và 01 tạp vụ); Phòng Quản lý Văn thư - Lưu trữ: 03 công chức; Phòng Nghiệp vụ và Kho Lưu trữ: 05 viên chức. Chi cục Văn thư - Lưu trữ chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và hoạt động của Sở Nội vụ, đồng thời chịu sự hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Cục Văn thư và Lưu trữ Nhà nước thuộc Bộ Nội vụ. Chi cục Văn thư - Lưu trữ là tổ chức có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng, có trụ sở, kinh phí hoạt động do ngân sách nhà nước cấp theo quy định của pháp luật. Nhiệm vụ và quyền hạn thực hiện theo Thông tư 02/2010/TT-BNV ngày 28/4/2010 của Bộ trưởng Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của tổ chức văn thư, lưu trữ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và UBND các cấp.

          Đến năm 2018, thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW, Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng (khóa XII), Nghị quyết số 39-NQ/TW ngày 17/4/2015 của Bộ Chính trị (khóa XI) về sắp xếp, kiện toàn tổ chức bộ máy các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập và tinh giản biên chế, cơ cấu lại đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức; Quyết định số 2589/QĐ-UBND ngày 27/7/2018 của Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai về phê duyệt Đề án sắp xếp lại tổ chức của Sở Nội vụ; Quyết định số 187/QĐ-SNV ngày 20/8/2018 của Giám đốc Sở Nội vụ về việc phê duyệt Kế hoạch sắp xếp tổ chức, nhân sự của Chi cục Văn thư - Lưu trữ. Sau khi sắp xếp lại tổ chức bộ máy và tinh giản biên chế, số lượng nhân sự thực tế hiện có tại thời điểm đó của Chi cục Văn thư - Lưu trữ là 16 người. Tổ chức bộ máy Chi cục Văn thư - Lưu trữ bao gồm: lãnh đạo Chi cục gồm có Chi cục trưởng, Phó Chi cục trưởng và các phòng, bộ phận chuyên môn: Phòng Nghiệp vụ: 07 công chức, 02 hợp đồng theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP của Chính phủ, nay là Nghị định số 111/2022/NĐ-CP ngày 30/12/2022 của Chính phủ về hợp đồng một số loại công việc trong cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập; Bộ phận Kho lưu trữ: 07 viên chức.

           Năm 2023, Uỷ ban nhân dân tỉnh Đồng Nai giao cho Chi cục Văn thư - Lưu trữ (Sở Nội vụ) 24 biên chế, trong đó có 09 biên chế công chức, 15 biên chế viên chức để thực hiện sắp xếp tổ chức bộ máy Chi cục đảm bảo theo quy định của Nghị định số 107/2020/NĐ-CP ngày 14/9/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 24/2014/NĐ-CP ngày 04/4/2014 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và Thông tư số 05/2021/TT-BNV ngày 12/8/2021 của Bộ trưởng Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở Nội vụ thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và Phòng Nội vụ thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện. Hiện tại, Chi cục Văn thư - Lưu trữ tỉnh Đồng Nai thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Quyết định số 49/2015/QĐ-UBND ngày 15/12/2015 của Chủ tịch UBND tỉnh về ban hành quy định về tổ chức và hoạt động của Sở Nội vụ tỉnh Đồng Nai và Quyết định số 190/QĐ-SNV ngày 21/8/2018 của Giám đốc Sở Nội vụ tỉnh Đồng Nai.